Sunday, June 14, 2020

ts anaconda, pandas, pygrib (qin log)



-bash-4.2$ module load anaconda
-bash-4.2$ conda creat --name grib python=3.7

CommandNotFoundError: No command 'conda creat'.
Did you mean 'conda create'?

-bash-4.2$ conda create --name grib python=3.7
Collecting package metadata: done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/hqin/.conda/envs/grib

  added / updated specs:
    - python=3.7


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _libgcc_mutex-0.1          |             main           3 KB
    ca-certificates-2020.1.1   |                0         132 KB
    certifi-2020.4.5.1         |           py37_0         159 KB
    ld_impl_linux-64-2.33.1    |       h53a641e_7         645 KB
    libedit-3.1.20181209       |       hc058e9b_0         188 KB
    libffi-3.3                 |       he6710b0_1          54 KB
    libgcc-ng-9.1.0            |       hdf63c60_0         8.1 MB
    libstdcxx-ng-9.1.0         |       hdf63c60_0         4.0 MB
    ncurses-6.2                |       he6710b0_1         1.1 MB
    openssl-1.1.1g             |       h7b6447c_0         3.8 MB
    pip-20.0.2                 |           py37_3         1.9 MB
    python-3.7.7               |       hcff3b4d_5        52.6 MB
    readline-8.0               |       h7b6447c_0         428 KB
    setuptools-47.1.1          |           py37_0         647 KB
    sqlite-3.31.1              |       h62c20be_1         2.0 MB
    tk-8.6.8                   |       hbc83047_0         3.1 MB
    wheel-0.34.2               |           py37_0          49 KB
    xz-5.2.5                   |       h7b6447c_0         438 KB
    zlib-1.2.11                |       h7b6447c_3         120 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        79.5 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main
  ca-certificates    pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2020.1.1-0
  certifi            pkgs/main/linux-64::certifi-2020.4.5.1-py37_0
  ld_impl_linux-64   pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.33.1-h53a641e_7
  libedit            pkgs/main/linux-64::libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0
  libffi             pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_1
  libgcc-ng          pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0
  libstdcxx-ng       pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0
  ncurses            pkgs/main/linux-64::ncurses-6.2-he6710b0_1
  openssl            pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1g-h7b6447c_0
  pip                pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py37_3
  python             pkgs/main/linux-64::python-3.7.7-hcff3b4d_5
  readline           pkgs/main/linux-64::readline-8.0-h7b6447c_0
  setuptools         pkgs/main/linux-64::setuptools-47.1.1-py37_0
  sqlite             pkgs/main/linux-64::sqlite-3.31.1-h62c20be_1
  tk                 pkgs/main/linux-64::tk-8.6.8-hbc83047_0
  wheel              pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.2-py37_0
  xz                 pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0
  zlib               pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7b6447c_3


Proceed ([y]/n)? 

Downloading and Extracting Packages
libgcc-ng-9.1.0      | 8.1 MB    | ################################################################## | 100% 
sqlite-3.31.1        | 2.0 MB    | ################################################################## | 100% 
readline-8.0         | 428 KB    | ################################################################## | 100% 
xz-5.2.5             | 438 KB    | ################################################################## | 100% 
ca-certificates-2020 | 132 KB    | ################################################################## | 100% 
ncurses-6.2          | 1.1 MB    | ################################################################## | 100% 
certifi-2020.4.5.1   | 159 KB    | ################################################################## | 100% 
python-3.7.7         | 52.6 MB   | ################################################################## | 100% 
libffi-3.3           | 54 KB     | ################################################################## | 100% 
ld_impl_linux-64-2.3 | 645 KB    | ################################################################## | 100% 
setuptools-47.1.1    | 647 KB    | ################################################################## | 100% 
libedit-3.1.20181209 | 188 KB    | ################################################################## | 100% 
pip-20.0.2           | 1.9 MB    | ################################################################## | 100% 
zlib-1.2.11          | 120 KB    | ################################################################## | 100% 
libstdcxx-ng-9.1.0   | 4.0 MB    | ################################################################## | 100% 
wheel-0.34.2         | 49 KB     | ################################################################## | 100% 
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ################################################################## | 100% 
openssl-1.1.1g       | 3.8 MB    | ################################################################## | 100% 
tk-8.6.8             | 3.1 MB    | ################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate grib
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate



condo activate grib



(grib) -bash-4.2$ conda install pandas
Collecting package metadata: done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/hqin/.conda/envs/grib

  added / updated specs:
    - pandas


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    blas-1.0                   |              mkl           6 KB
    intel-openmp-2020.1        |              217         940 KB
    libgfortran-ng-7.3.0       |       hdf63c60_0         1.3 MB
    mkl-2020.1                 |              217       200.5 MB
    mkl-service-2.3.0          |   py37he904b0f_0         208 KB
    mkl_fft-1.0.15             |   py37ha843d7b_0         172 KB
    mkl_random-1.1.1           |   py37h0573a6f_0         375 KB
    numpy-1.18.1               |   py37h4f9e942_0           5 KB
    numpy-base-1.18.1          |   py37hde5b4d6_1         5.2 MB
    pandas-1.0.3               |   py37h0573a6f_0        11.1 MB
    python-dateutil-2.8.1      |             py_0         224 KB
    pytz-2020.1                |             py_0         239 KB
    six-1.15.0                 |             py_0          13 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       220.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  blas               pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl
  intel-openmp       pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2020.1-217
  libgfortran-ng     pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0
  mkl                pkgs/main/linux-64::mkl-2020.1-217
  mkl-service        pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py37he904b0f_0
  mkl_fft            pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.0.15-py37ha843d7b_0
  mkl_random         pkgs/main/linyux-64::mkl_random-1.1.1-py37h0573a6f_0
  numpy              pkgs/main/linux-64::numpy-1.18.1-py37h4f9e942_0
  numpy-base         pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.18.1-py37hde5b4d6_1
  pandas             pkgs/main/linux-64::pandas-1.0.3-py37h0573a6f_0
  python-dateutil    pkgs/main/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0
  pytz               pkgs/main/noarch::pytz-2020.1-py_0
  six                pkgs/main/noarch::six-1.15.0-py_0



Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages
python-dateutil-2.8. | 224 KB    | ################################################################## | 100% 
pytz-2020.1          | 239 KB    | ################################################################## | 100% 
six-1.15.0           | 13 KB     | ################################################################## | 100% 
numpy-1.18.1         | 5 KB      | ################################################################## | 100% 
mkl_fft-1.0.15       | 172 KB    | ################################################################## | 100% 
mkl-service-2.3.0    | 208 KB    | ################################################################## | 100% 
numpy-base-1.18.1    | 5.2 MB    | ################################################################## | 100% 
mkl_random-1.1.1     | 375 KB    | ################################################################## | 100% 
intel-openmp-2020.1  | 940 KB    | ################################################################## | 100% 
mkl-2020.1           | 200.5 MB  | ################################################################## | 100% 
blas-1.0             | 6 KB      | ################################################################## | 100% 
pandas-1.0.3         | 11.1 MB   | ################################################################## | 100% 
libgfortran-ng-7.3.0 | 1.3 MB    | ################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done



(grib) -bash-4.2$ conda install -c conda-forge pygrib
Collecting package metadata: done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/hqin/.conda/envs/grib

  added / updated specs:
    - pygrib


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    bzip2-1.0.8                |       h516909a_2         396 KB  conda-forge
    ca-certificates-2020.4.5.2 |       hecda079_0         147 KB  conda-forge
    certifi-2020.4.5.2         |   py37hc8dfbb8_0         152 KB  conda-forge
    curl-7.69.1                |       h33f0ec9_0         137 KB  conda-forge
    eccodes-2.17.0             |       hf05d9b7_2         3.9 MB  conda-forge
    hdf4-4.2.13                |    hf30be14_1003         964 KB  conda-forge
    hdf5-1.10.6                |nompi_h3c11f04_100         3.0 MB  conda-forge
    jasper-1.900.1             |    h07fcdf6_1006         286 KB  conda-forge
    jpeg-9d                    |       h516909a_0         266 KB  conda-forge
    krb5-1.17.1                |       h173b8e3_0         1.5 MB
    libaec-1.0.4               |       he1b5a44_1          32 KB  conda-forge
    libcurl-7.69.1             |       hf7181ac_0         573 KB  conda-forge
    libnetcdf-4.7.4            |nompi_h84807e1_104         1.3 MB  conda-forge
    libpng-1.6.37              |       hed695b0_1         308 KB  conda-forge
    libssh2-1.9.0              |       hab1572f_2         298 KB  conda-forge
    libtiff-4.1.0              |       hc7e4089_6         668 KB  conda-forge
    libwebp-base-1.1.0         |       h516909a_3         845 KB  conda-forge
    lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_1         226 KB  conda-forge
    openssl-1.1.1g             |       h516909a_0         2.1 MB  conda-forge
    proj-7.0.0                 |       h966b41f_4         3.7 MB  conda-forge
    pygrib-2.0.4               |   py37h55c65ac_0         341 KB  conda-forge
    pyproj-2.6.1.post1         |   py37h34dd122_0         438 KB  conda-forge
    python_abi-3.7             |          1_cp37m           4 KB  conda-forge
    zstd-1.4.4                 |       h6597ccf_3         991 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        22.4 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  bzip2              conda-forge/linux-64::bzip2-1.0.8-h516909a_2
  curl               conda-forge/linux-64::curl-7.69.1-h33f0ec9_0
  eccodes            conda-forge/linux-64::eccodes-2.17.0-hf05d9b7_2
  hdf4               conda-forge/linux-64::hdf4-4.2.13-hf30be14_1003
  hdf5               conda-forge/linux-64::hdf5-1.10.6-nompi_h3c11f04_100
  jasper             conda-forge/linux-64::jasper-1.900.1-h07fcdf6_1006
  jpeg               conda-forge/linux-64::jpeg-9d-h516909a_0
  krb5               pkgs/main/linux-64::krb5-1.17.1-h173b8e3_0
  libaec             conda-forge/linux-64::libaec-1.0.4-he1b5a44_1
  libcurl            conda-forge/linux-64::libcurl-7.69.1-hf7181ac_0
  libnetcdf          conda-forge/linux-64::libnetcdf-4.7.4-nompi_h84807e1_104
  libpng             conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_1
  libssh2            conda-forge/linux-64::libssh2-1.9.0-hab1572f_2
  libtiff            conda-forge/linux-64::libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
  libwebp-base       conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.1.0-h516909a_3
  lz4-c              conda-forge/linux-64::lz4-c-1.9.2-he1b5a44_1
  proj               conda-forge/linux-64::proj-7.0.0-h966b41f_4
  pygrib             conda-forge/linux-64::pygrib-2.0.4-py37h55c65ac_0
  pyproj             conda-forge/linux-64::pyproj-2.6.1.post1-py37h34dd122_0
  python_abi         conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-1_cp37m
  zstd               conda-forge/linux-64::zstd-1.4.4-h6597ccf_3

The following packages will be UPDATED:

  ca-certificates     pkgs/main::ca-certificates-2020.1.1-0 --> conda-forge::ca-certificates-2020.4.5.2-hecda079_0
  certifi              pkgs/main::certifi-2020.4.5.1-py37_0 --> conda-forge::certifi-2020.4.5.2-py37hc8dfbb8_0

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  openssl              pkgs/main::openssl-1.1.1g-h7b6447c_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1g-h516909a_0

Proceed ([y]/n)? y


Downloading and Extracting Packages
python_abi-3.7       | 4 KB      | ################################################################## | 100% 
lz4-c-1.9.2          | 226 KB    | ################################################################## | 100% 
zstd-1.4.4           | 991 KB    | ################################################################## | 100% 
ca-certificates-2020 | 147 KB    | ################################################################## | 100% 
jpeg-9d              | 266 KB    | ################################################################## | 100% 
openssl-1.1.1g       | 2.1 MB    | ################################################################## | 100% 
eccodes-2.17.0       | 3.9 MB    | ################################################################## | 100% 
krb5-1.17.1          | 1.5 MB    | ################################################################## | 100% 
libnetcdf-4.7.4      | 1.3 MB    | ################################################################## | 100% 
libpng-1.6.37        | 308 KB    | ################################################################## | 100% 
libtiff-4.1.0        | 668 KB    | ################################################################## | 100% 
hdf4-4.2.13          | 964 KB    | ################################################################## | 100% 
certifi-2020.4.5.2   | 152 KB    | ################################################################## | 100% 
pygrib-2.0.4         | 341 KB    | ################################################################## | 100% 
proj-7.0.0           | 3.7 MB    | ################################################################## | 100% 
hdf5-1.10.6          | 3.0 MB    | ################################################################## | 100% 
pyproj-2.6.1.post1   | 438 KB    | ################################################################## | 100% 
libcurl-7.69.1       | 573 KB    | ################################################################## | 100% 
libwebp-base-1.1.0   | 845 KB    | ################################################################## | 100% 
curl-7.69.1          | 137 KB    | ################################################################## | 100% 
bzip2-1.0.8          | 396 KB    | ################################################################## | 100% 
libssh2-1.9.0        | 298 KB    | ################################################################## | 100% 
libaec-1.0.4         | 32 KB     | ################################################################## | 100% 
jasper-1.900.1       | 286 KB    | ################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done

Executing transaction: done

(grib) -bash-4.2$ python
Python 3.7.7 (default, May  7 2020, 21:25:33) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pygrib
>>> import pandas
>>> 

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