Compare tree topologies using the ape package in R

The following R code read a newick file with multiple trees, and calculate the topological distance between all pairs.

require(ape)
help(package=ape)

trees = read.tree("treesall.nwk") #list of 10
trees[[1]]
trees[[2]]
dist.topo( trees[[1]], trees[[10]])

d.tree = matrix( nrow=10, ncol=10 )
for ( i in 1:10 ) {
  for (j in i:10) {
    print ( c(i, j))
    d.tree[i,j] = dist.topo( trees[[i]], trees[[j]]  )
  }
}

d.tree


An output from the 10 tree for Bacillus essential genes are: 
> d.tree
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
 [1,]    0    2    2    4    6    2    4    4    4     4
 [2,]   NA    0    4    6    6    4    2    6    6     6
 [3,]   NA   NA    0    2    4    4    6    6    6     6
 [4,]   NA   NA   NA    0    2    4    6    6    6     8
 [5,]   NA   NA   NA   NA    0    6    6    8    8    10
 [6,]   NA   NA   NA   NA   NA    0    2    4    4     6
 [7,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA    0    6    6     8
 [8,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    0    2     8
 [9,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA    0     8
[10,]   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA     0