Thursday, February 27, 2014

dummy sequence analysis

>WT ORF
ATGGTTCAAGCAGTCGCAGTGTTAAAGGGTGATGCCGGTGTCTCTGGTGTTGTCAAGTTC
GAACAGGCTTCCGAATCCGAGCCAACCACTGTCTCTTACGAGATCGCTGGTAACAGTCCT
AACGCAGAACGTGGGTTCCACATTCATGAGTTTGGAGATGCCACCAATGGTTGTGTCTCT
GCTGGTCCTCACTTCAATCCTTTCAAGAAGACACATGGTGCTCCAACTGACGAAGTCAGA
CATGTCGGTGACATGGGTAACGTAAAGACGGACGAAAATGGTGTGGCCAAGGGCTCCTTC
AAGGACTCTTTGATCAAGCTTATCGGTCCTACCTCCGTTGTAGGCAGAAGCGTCGTTATC
CACGCCGGCCAAGATGACTTAGGTAAGGGTGACACTGAAGAATCTTTGAAGACTGGTAAT
GCCGGTCCAAGACCAGCCTGTGGTGTCATTGGTCTAACCAACTAA
 

>mutant1
ATGGTTCAAGCAGTCGCAGTGTTAAAGGGTGATGCCGGTGTCTCTGGTGTTGTCAAGTT
CGAACAGGCTTCCGAATCCGAGCCAACCACTGTCTCTTACGAGATCGCTGGTAACAGTC
CTAACGCAGAACGTGGGTTCCACATTCATGAGTTTGGAGATGCCACCAATGGTTGTGTC
TCTGCTGGTCCTCACTTCAATCCTTTCAAGAAGACACATGGTGCTCCAACTGACGAAGT
CAGATATGTCGGTGACATGGGTAACGTAAAGACGGACGAAAATGGTGTGGCCAAGGGCT
CCTTCAAGGACTCTTTGATCAAGCTTATCGGTCCTACCTCCGTTGTAGGCAGAAGCGTC
GTTATCCACGCCGGCCAAGATGACTTAGGTAAGGGTGACACTGAAGAATCTTTGAAGAC
TGGTAATGCCGGTCCAAGACCAGCCTGTGGTGTCATTGGTCTAACCAACTAA  
 
>mutant2 
ATGGTTCAAGCAGTCGCAGTGTTAAAGGGTGATGCCGGTGTCTCTGGTGTTGTCAAGTTC
GAACAGGCTTCCGAATCCGAGCCAACCACTGTCTCTTACGAGATCGCTGGTAACAGTCCT
AACGCAGAACGTGGGTTCCACATTCATGAGTTTGGAGATGCCACCAATGGTTGTGTCTCT
GCTGGTCCTCACTTCAATCCTTTCAAGAAGAGACATGGTGCTCCAACTGACGAAGTCAGA
CATGTCGGCTGAATGGGTAACGTAAAGACGGACGAAAATGGTGTGGCCAAGGGCTCCTTC
AAGGACTCTTTGATCAAGCTTATCGGTCCTACCTCCGTTGTAGGCAGAAGCGTCGTTATC
CACGCCGGCCAAGATGACTTAGGTAAGGGTGACACTGAAGAATCTTTGAAGACTGGTAAT
GCCGGTCCAAGACCAGCCTGTGGTGTCATTGGTCTAACCAACTAA
 
 
>WT protein 
MVQAVAVLKGDAGVSGVVKFEQASESEPTTVSYEIAGNSPNAERGFHIHEFGDATNGCVS
AGPHFNPFKKTHGAPTDEVRHVGDMGNVKTDENGVAKGSFKDSLIKLIGPTSVVGRSVVI
HAGQDDLGKGDTEESLKTGNAGPRPACGVIGLTN* 
>mutant1  X###Y
MVQAVAVLKGDAGVSGVVKF
EQASESEPTTVSYEIAGNSP
NAERGFHIHEFGDATNGCVS
AGPHFNPFKKRHGAPTDEVR
HVGDMGNVKTDENGVAKGSF
KDSLIKLIGPTSVVGRSVVI
HAGQDDLGKGDTEESLKTGN
AGPRPACGVIGLTN* 


No comments:

Post a Comment